Die »Merseburger Hofmusik« wurde 1998 gegründet. Musiker aus dem Gewandhausorchester Leipzig und freischaffende Spezialisten fanden unter der künstlerischen Leitung von Michael Schönheit zusammen, um auf historischen Instrumenten Barockmusik des mitteldeutschen Raumes zum Klingen zu bringen. Ihr besonderes Interesse ist es, die reiche Musiktradition der ehemaligen Residenz Merseburg – hier sei nur an die Komponisten J. J. Quantz, W. F. Bach, G. F. Kauffmann erinnert – in Bezug zur Musik Bachs, Händels und Telemanns zu setzen. So entdeckten die Musiker der Hofmusik in den letzten Jahren beispielsweise etliche Kantaten von Kauffmann und Werke von Ch. H. Förster wieder, die sie in Merseburg zur Aufführung brachten. Weitere Neu - Interpretationen Alter Meister bringt der langjährige Zyklus „Weißenfelser Musikschatz“ in Zusammenarbeit mit der MBM und dem Bach-Archiv Leipzig hervor. Das Gewandhaus-Publikum ist seit 2003 regelmäßig Zeuge der besonderen Projekte des Ensembles: Seit dem Debüt mit Händels La Resurrezione gab die »Merseburger Hofmusik« 30 Konzerte in den verschiedenen Reihen des Hauses. Zu den Höhepunkten zählt gewiss der 2004/2005 begonnene Buxtehude-Zyklus unter Leitung von Michael Schönheit. Dieser insgesamt 23 Abende umfassende Konzertzyklus endete am 9. Mai 2007, dem 300. Todestag Dietrich Buxtehudes, mit einem festlichen Konzert im Großen Saal des Gewandhauses.

Der Applaus am Ende unterstreicht, was längst ohrenfällig wurde: die Extraklasse aller beteiligten Musiker und ihrer Einzelleistungen, schrieb die Leipziger Volkszeitung über das Konzert des Ensembles am 13. Juni 2007 aus Anlass des Bachfestes in der Leipziger Thomaskirche, in dem Werke von Heinrich Schütz, Dietrich Buxtehude und Johann Sebastian Bach erklangen. Im Jahre 2009 entstand die Produktion einer Oper von Händel/Telemann im Rahmen des Bachfestes Leipzig, die die Kritik zum Ausruf hinriss: Der Star des Abends ist allerdings das Orchester. Die »Merseburger Hofmusik« spielt unter Michael Schönheit, der voller Energie und nimmermüde seine Musiker anfeuert, je nach Bedarf die Zügel anzieht oder loslässt (LVZ). Den Bach-Geburtstag 2010 beging das Ensemble gemeinsam mit Solisten und dem Gewandhauschor mit einer großen Bach-Nacht im Gewandhaus. Opern-Produktionen in den Historischen Theatern Gotha und Bad Lauchstädt sowie eine musikalische Ehrung für Wilhelm Friedemann Bach im Leipziger Gewandhaus waren weitere Höhepunkte des Jahres. 2011 stand vor allem im Zeichen der Klassik; Konzerte im Gewandhaus mit Mendelssohns Sommernachtstraum und zu den Merseburger Orgeltagen mit Beethovens Missa solemnis wurden flankiert von Konzerten mit Bach’scher Musik zu den Thüringer Bach-Wochen sowie Merseburger Trauermusiken anlässlich der Wiedereinweihung der Fürstengruft des Merseburger Doms. Das Jahr 2013 stand ganz im Zeichen des 300. Geburtstages von Johann Ludwig Krebs, einem der bedeutendsten Bach-Schüler. Seine Vokal- und Orchesterwerke erklangen in Konzerten mit der Merseburger Hofmusik an allen für Leben und Schaffen des Jubilars wichtigen Orten, die Gesamteinspielung dieser Werke liegt seit September 2013 vor. Glanzpunkte des Jahres 2015 waren ein Konzert mit Werken von Lully gemeinsam mit Michel Bouvard im Leipziger Gewandhaus sowie die Aufführung der Schöpfung von Haydn anlässlich der Merseburger Orgeltage. Im Jahre 2016 erschien die Produktion dieses Oratoriums beim Label Querstand, Altenburg. Im Rahmen der Max-Reger-Tage der Stadt Leipzig aus Anlass des 100. Todestages des Komponisten musizierte das Ensemble 2016 im Gewandhaus u. a. Regers Mozartvariationen auf dem Instrumentarium der Reger-Zeit. Auch Regers Requiem op.144b nach Hebbel  erklang im Jubiläumsjahr und erschien als Welt-Ersteinspielung mit Historischem Instrumentarium auf einer CD, die auch das Brahms-Requiem als Live- Mitschnitt eines Konzertes mit dem Ukrainischen Nationalchor DUMKA  beinhaltet.

Neben den jährlichen Konzerten im Merseburger Dom, vor allem im Rahmen der international beachteten Merseburger Orgeltage, trat das Ensemble u. a. beim Bachfest Leipzig und mehrfach beim Händelfest Halle auf. Erfolgreich gastierten die Musiker u. a. bei den Mitteldeutschen Heinrich-Schütz-Tagen, beim Schleswig-Holstein-Musikfestival, dem MDR-Musiksommer, dem Köthener Herbst und den Köthener Bachtagen. Im März 2016 gastierte die Merseburger Hofmusik beim Oslo International Church Music Festival mit der Uraufführung von Steffen Schleiermachers Nach Markus.Passion (2015) nach einem Text von Christian Lehnert unter Verwendung der überlieferten Teile von Johann Sebastian Bachs Markus-Passion BWV 247. Beim Bachfest Leipzig 2016 fand deren umjubelte deutsche Erstaufführung statt.

Zum 20jährigen Bestehen des Ensembles am 21. Mai 2018 erschien eine Aufnahme der Hohen Messe in h-moll von J.S.Bach, ein Geschenk, das Ensemble, Collegium Vocale Leipzig als langjähriger Musizierpartner und Michael Schönheit als Gründer und Leiter des Orchesters sich und ihrem treuen Publikum machten.

Das Jahr 2019 war geprägt von Wiederentdeckungen nahezu unbekannter Werke des mitteldeutschen Komponisten Johann Wilhelm Hertel sowie von Solo-Konzerten des 19. Jh. für Romantische Gambe, die in 2 CD-Produktionen mündeten. Im November des Jahres reiste das Ensemble als Repräsentant der Bundesrepublik Deutschland anläßlich der Feierlichkeiten „500 Jahre Havanna“  gemeinsam mit dem Collegium Vocale Leipzig und Solisten für mehrere Konzerte mit Musik von J.S.Bach nach Kuba.

Als eines der ersten Ensembles spielte die Merseburger Hofmusik ab August 2020 in mehreren chorsinfonischen Konzerten anläßlich der Beethoven-Ehrungen 2020 wieder  live. Musik als Quelle der Zuversicht ist für Publikum und Musiker gleichermaßen unerläßlich.