Michael Schönheit, geboren in Saalfeld, erhielt seine erste musikalische Ausbildung bei seinem Vater Walter Schönheit und war Mitglied der Thüringer Sängerknaben. Von 1978 - 1985 studierte er Dirigieren, Klavier und Orgel an der Hochschule für Musik „Felix Mendelssohn Bartholdy“. 1984 wurde er Preisträger des Internationalen Johann-Sebastian-Bach-Wettbewerbs in Leipzig.

Von 1985 bis 1991 war er als Organist und Kantor in Saalfeld tätig. 1986 wurde er zum Gewandhausorganisten berufen. Hier umfasst sein Wirkungsbereich die Gestaltung der Gewandhausorgelkonzerte, die Mitwirkung in den Gewandhauskammermusiken sowie Auftritte als Solist mit dem Gewandhausorchester. Von Beginn seiner Tätigkeit sind die jeweiligen Spielzeiten besonders geprägt von thematischen Zyklen. So kam es aus Anlass des 300. Todestages von Dietrich Buxtehude gemeinsam mit dem von ihm 1998 gegründeten, auf Instrumenten alter Mensur musizierenden Ensemble „Merseburger Hofmusik“ und namhaften Solisten zur Gesamtaufführung der Kantaten und Orgelwerke dieses Meisters im Gewandhaus. Dieser dreijährige Konzertzyklus wurde 9. Mai 2007 abgeschlossen. In der Spielzeit 2008/2009 widmete er innerhalb der etwa 30 Abende umfassenden Gewandhaus-Orgelsaison einen sechs Abende umfassenden Konzertzyklus den Jubilaren Joseph Haydn, Georg Friedrich Händel und Felix Mendelssohn Bartholdy, den er gemeinsam mit der „Merseburger Hofmusik“ und dem Leipziger Gewandhauschor gestaltete.

Die Gewandhaus-Orgelsaison 2009/2010 stand ganz im Zeichen des 325. Geburtstages von Johann Sebastian Bach, die Saison 2010/11 war dem 200. Geburtstag von Franz Liszt gewidmet. Unter der Leitung von Riccardo Chailly kam es in den letzten Jahren zu einer Reihe von Ur- und Erstaufführungen von Konzerten für Orgel und Orchester.
Jüngstes Beispiel ist die Uraufführung der Sinfonischen Szene für Orgel und Orchester von Thomas Daniel Schlee im Leipziger Gewandhaus und im Goldenen Saal des Wiener Musikvereins im März 2013.


Seit 1994 ist Michael Schönheit künstlerischer Leiter der Merseburger Orgeltage, die sich zu einem der führenden Orgelfestivals in Deutschland entwickelt haben. Seit 1996 ist Schönheit zudem Domorganist in Merseburg. Er betreute auch die umfangreiche Restaurierung der einzigartigen von Friedrich Ladegast 1853 -55 erbauten Domorgel. Seit 2004 ist dieses weltberühmte Instrument wieder in seiner ursprünglichen Klanggestalt in den Gottesdiensten, der sonnabendlichen Reihe „Orgelklang 12“, der Merseburger Dommusik und den Merseburger Orgeltagen zu hören.

Von 1998 bis 2005 leitete er den Carl-Philipp-Emanuel-Bach-Chor Hamburg, mit dem er zahlreiche Werke der Oratorienliteratur des 18. und 19. Jahrhunderts zur Aufführung brachte.

An der Musikhochschule Nürnberg leitet Schönheit derzeit eine Orgelklasse. Bei zahlreichen internationalen Wettbewerben ist er als Jurymitglied tätig.


Michael Schönheit ist darüber hinaus ein gefragter Gastorganist. Seine Konzerttätigkeit erstreckt sich über die europäischen Länder hinaus bis in die USA und nach Japan.
Als Solist gastierte er neben dem Gewandhausorchester bei so renommierten Orchestern wie der Sächsischen Staatskapelle Dresden, den Münchner Philharmonikern, dem Konzerthausorchester Berlin, der Dresdner Philharmonie, dem MDR – Sinfonieorchester, dem Orchestra dell’ accademia nazionale di santa cecilia Rom, dem New York Philharmonic Orchestra und vielen anderen.

Mit seinem Ensemble „Merseburger Hofmusik“ gastierte er in den vergangen Jahren mehrfach im Hamburger Michel, der Musikhalle Hamburg und bei zahlreichen Festivals, so z.B. im Rahmen des Schleswig-Holstein-Musikfestivals, den Händelfestspielen Halle, den Telemanntagen Magdeburg und innerhalb der jährlich stattfindenden Bachfeste in Leipzig. 2009 kam es hier zu der überaus erfolgreichen Aufführung der selten gespielten, von Telemann für Hamburg bearbeiteten Oper „Richard I.“ von Georg Friedrich Händel, der im Jahr 2010 weitere Aufführungen folgten.

Neben seiner Tätigkeit als Organist und Ensembleleiter widmet sich Schönheit seit vielen Jahren dem historischen Hammerklavier. Er spielt seit 2006 einen historischen Hammerflügel der Firma John Broadwood aus dem Jahre 1805 und seit 2010 ein Instrument aus der Werkstatt von Franz Bayer, Wien, aus der Zeit um 1820.

Rundfunk-, Fernseh- und zahlreiche CD-Produktionen ergänzen sein vielseitiges künstlerisches Wirken. 
So erschienen in den letzten Jahren bei MDG zwei viel beachtete CDs mit Werken von Franz Liszt, eingespielt an der Merseburger Orgel, sowie eine Aufnahme mit den großen Uraufführungen der Orgelwerke von Liszt, Reubke und Reger im Merseburger Dom, 2007 eine Einspielung mit Werken Leipziger Komponisten auf der Gewandhausorgel.
Zu Beginn des Jahres 2010 erschien bei Decca die Einspielung der Sechs Brandenburgischen Konzerte von Johann Sebastian Bach mit dem Gewandhausorchester unter Riccardo Chailly, bei der Michael Schönheit den Cembalosolopart des 5. Brandenburgischen Konzertes übernahm. Mit Gotthold Schwarz verbindet ihn eine jahrelange Zusammenarbeit, vor allem auf dem Gebiet des Liedgesanges. 2011 erschien eine CD mit dem Titel „An den Mond“ mit Werken von Zelter, Schubert und Schumann auf der Gotthold Schwarz von Michael Schönheit auf einem Graf-Flügel aus der Sammlung des WDR begleitet wird. Aufnahmen mit dem Bassbariton Klaus Mertens erschienen in jüngster Zeit.

Im Jahre 2013 erschien bei dem Altenburger Verlag Kamprad die Einspielung des Orchester- und Kantatenwerkes von Johann Ludwig Krebs unter seiner Leitung mit namhaften Solisten, dem Collegium Vocale Leipzig und der Merseburger Hofmusik.